El sistema funcional del encéfalo sobre todo asociado con el prosencéfalo e implicado con el comportamiento emocional o afectivo, el aprendizaje y la memoria. Las extensas conexiones con los centros superiores e inferiores del encéfalo permiten al sistema responder a gran número de estímulos ambientales. En medicina, el conjunto de estructuras del rinencéfalo cerebral asociadas con diversos sentimientos y emociones, como la ira, el miedo, la excitación sexual, el placer y la tristeza. Las estructuras del sistema límbico son la circunvolución del cuerpo calloso, el istmo, la circunvolución del hipocampo, el uncus y la amígdalas: no está completamente comprendida la función del sistema.