La musicología ha causado profundos efectos en el ámbito de la práctica musical. El repertorio de conciertos y grabaciones habría sido muy pobre sin los descubrimientos, ediciones e informaciones que han aparecido en los últimos 150 años. Hasta la aparición de las ediciones Bach, sólo eran conocidas algunas de sus composiciones. Ahora muchas cantatas, misas, pasiones, conciertos y obras para teclado se interpretan y graban. Casi no se conocía ninguna obra de Machaut, Dufay, Josquin des Prez, Gesualdo, Corelli, Vivaldi, Couperin, C. P. E. Bach o Clementi, por citar a algunos músicos hoy día familiares, hasta que los musicólogos las han traído a la luz. Aunque las sinfonías de Beethoven y Brahms y algunas de las de Haydn y Mozart han permanecido en el repertorio de conciertos desde el momento de su estreno, la mayor parte del resto de su música y de la de sus contemporáneos estaba olvidada. La programación retrospectiva característica de la actividad concertística actual es comparativamente un fenómeno reciente. Incluso en el siglo XIX, cuando la curiosidad romántica por el pasado llevó a investigar la música anterior, los programas de los conciertos incluían principalmente música nueva. La amplitud del repertorio que se puede conseguir en la actualidad ha dado a los intérpretes tantas posibilidades que han abandonado la obra de sus contemporáneos. El mundo de la música clásica aparece como un museo reunido por los estudiosos y preservado por intérpretes conservadores en contraste con la continua sucesión de nuevos éxitos de la música popular.
Incluso en el relativamente estable campo de la ópera, el conocimiento musical ha tenido un notable impacto. El repertorio habitual, que va desde el siglo XVIII al XX, se ha ampliado con la inclusión de obras antiguas como Orfeo, favola in musica y La coronación de Poppea de Monteverdi, óperas de Cavalli, Lully, Händel, Rameau, Pergolesi, Paisiello y obras olvidadas de Mozart, Beethoven, Rossini, Músorgski, Chaikovski y otros. Muchos teatros de ópera han cambiado las versiones utilizadas tradicionalmente por nuevas ediciones críticas, como en el caso de Idomeneo, rey de Creta de Mozart, El barbero de Sevilla de Rossini, Rigoletto de Verdi y Tannhäuser de Wagner.
1. La práctica interpretativa; La relación de la musicología con el renacimiento de la música antigua y la interpretación con instrumentos y técnicas originales es compleja. Los intérpretes, directores y constructores de instrumentos, en vez de los musicólogos, iniciaron este fenómeno, estimulados por el interés en la evolución de los instrumentos y por su amor a la música. Este impulso fue alimentado por las ediciones de música medieval, renacentista y barroca preparada por los estudiosos. El acceso a los textos originales (Urtext) inspiró la búsqueda de la autenticidad en la interpretación, no sólo en lo concerniente a saber qué escribió realmente el compositor, sino también a obtener un sonido y una práctica interpretativa correspondiente a la época de composición de la obra. Esto incluye los adornos improvisados, el temperamento, los sistemas de afinación, la construcción de instrumentos y las técnicas de interpretación.
En un principio, este redescubrimiento se orientó a la música anterior a Bach y Händel. Más tarde, fue la música del primero el principal objeto de esta tendencia y más recientemente se ha ampliado hasta el repertorio de finales del siglo XVIII y de todo el siglo XIX. La música orquestal de Haydn, Mozart, Beethoven, Berlioz y Mendelssohn se ha interpretado y grabado con buen resultado artístico con orquestas que utilizaban instrumentos de la época o reproducciones de ellos. El papel de los musicólogos ha consistido en teorizar sobre qué es una interpretación auténtica de música de tiempos pasados basándose en los tratados teóricos y prácticos y en el contexto histórico. Es inevitable que en una época en la que acumulamos mucha música del pasado los especialistas hayan entablado un diálogo con ese pasado sobre la forma de interpretar su música.