Se dice del cruzamiento dentro de una línea o familia con relaciones de parentesco; el grado de intracruzamiento se valora por medio del llamado coeficiente de intracruzamiento, de Wright, que nos da la perdida probable de heterozigotia (J. H. y S.).
El intracruzamiento es la relación sexual entre individuos estrechamente relacionados, siendo la situación externa la autofertilización, lo que ocurre en muchas plantas y en algunos animales primitivos. Una población con intracruzamiento suele mostrar menos variación genética que en una procedente de intercruzamiento. Un intracruzamiento continuado en una población que normalmente tiene intercruzamiento lleva a una depresión por intracruzamiento, que es lo opuesto al vigor híbrido, y a un incremento en la incidencia de caracteres genéticos dañinos.