Se dice de los organismos unicelulares pertenecientes al reino Protoctistas, cuya característica común es la existencia de unas prolongaciones en forma de látigo denominadas flagelos que les sirven para desplazarse. Pueden vivir como células aisladas, en colonias, o como parásitos. Son abundantes en casi todos los medios acuáticos y terrestres y son los componentes primarios de la cadena alimentaria marina. El grupo flagelados no tiene categoría taxonómica e incluye microorganismos pertenecientes a distintos grupos de protistas. Entre ellos se encuentran los dinoflagelados, organismos marinos provistos de dos flagelos, y los euglenozoa, un grupo que comprende microorganismos tan conocidos como las especies del género Euglena o el parásito Trypanosoma, responsable de la enfermedad del sueño.