Los dientes son susceptibles de sufrir un proceso de putrefacción (o caries dental). La bacteria acidogénica oral, que siempre está presente en la boca, reacciona con los hidratos de carbono para formar ácidos capaces de disolver el esmalte. La desintegración del esmalte permite la penetración de otras bacterias en la dentina. Con el tiempo, la caries origina una cavidad, o agujero, en la estructura del diente. La extensión de la caries produce la infección del tejido de la cavidad pulpar que al final conduce a necrosis o formación de abscesos, que si no se detiene pueden llegar a afectar al maxilar. El proceso de las caries se acompaña de la formación de gases putrefactos. Si se obstruye la entrada en la cavidad pulpar, se produce un dolor severo a medida que aumenta la presión de los gases. En muchos casos, el diente se puede tratar con terapia del conducto radicular que elimina el material infectado que se encuentre en él. En los casos graves el diente se extrae. Es necesario que el tratamiento dental sea precoz para evitar complicaciones serias, ya que los dientes, a diferencia de la mayoría de otros órganos, no son capaces de regenerarse. Sin embargo, es posible restaurar el diente; para ello, se elimina el material necrosado de los dientes y se sustituye con un material inerte de relleno. El relleno puede ser de oro, plata, amalgama, porcelana, cemento sintético o plástico. Algunas veces los dientes dañados o enfermos se enfundan, es decir, se coloca una corona nueva o se cubren con un material apropiado. En los últimos años, es muy habitual el implante de dientes falsos en el lugar de los dientes dañados.
La higiene dental adecuada y las revisiones periódicas ayudan a prevenir que los dientes enfermen. Una dieta bien equilibrada con un aporte mínimo de hidratos de carbono puede reducir las infecciones dentales. El cepillado de los dientes después de las comidas para eliminar los residuos de alimentos ayuda a reducir las caries. Los dientes se deben cepillar en la dirección de su crecimiento para evitar la irritación de la encía. Los científicos demostraron (en 1949) que la aplicación directa sobre la superficie de los dientes de una solución de fluoruro de sodio al 2% reduce en un 40% la caries dental. Los experimentos indican que la adición de una parte de fluoruro en un millón de partes de agua potable disminuye hasta un 65% la incidencia de caries. Aunque con una fuerte oposición por parte de varios grupos, se ha demostrado que la fluoración frena de forma eficaz el desarrollo de caries dental en los niños (véase flúor).