Se aplica a los antígenos de la región del cromosoma 6 que contiene genes que codifican las proteínas que permiten diferenciar al sistema inmune tejidos o proteínas «propias» o «extrañas»: estos loci se identifican por número y letras, como HLA-B27. Loa antígenos se dividen en tres clases:
Los antígenos de clase I, (HLA-A, B y C) se encuentran en la superficie de todas las células nucleadas y en las plaquetas, y son importantes en los trasplantes tisulares. Si los antígenos HLA del donante y el receptor no concuerdan, los linfocitos T citolíticos reconocen y destruyen a los antígenos extraños.
Los antígenos de clase II, sólo se encuentran en células inmunocompetentes y normalmente reconocen proteínas extrañas.
Los antígenos de clase III, no son antígenos de histocompatibilidad, como algunos componentes del complemento que se sitúan en el complejo HLA.