El intermediario que se forma cuando la molécula de sustrato interactúa con el punto activo de una enzima. Tras la formación del complejo enzima-sustrato, la molécula de sustrato sufre una reacción química y es trasformada en un nuevo producto. Se han sugerido varios mecanismo de interactuación entre la enzima y su correspondiente sustrato, incluyendo el modelo de inducción por ajuste en el mecanismo de cerradura-llave.