Los métodos actuales de clasificación tratan de reunir los grupos en taxones o categorías, de modo que estos reflejen los procesos evolutivos que subyacen bajo las similitudes y diferencias que existen entre los organismos (véase clasificación biológica); dichas categorías forman un tipo de pirámide, o jerarquía, donde los distintos niveles representan los diferentes grados de relación evolutiva.
Los biólogos clasifican a los organismos individuales en el nivel básico de especie, que es la única categoría de esta índole que puede ser considerada en la naturaleza. Las categorías superiores son reuniones de grupos de especies. Una especie está compuesta por organismos que comparten muchas características importantes; además, en los organismos con reproducción sexual, las especies están formadas por poblaciones entremezcladas, que de forma ideal no pueden tener descendientes fértiles con miembros de ninguna otra especie.
Las especies que no se cruzan con otras pero que están claramente relacionadas con ellas por compartir características importantes, se agrupan en un género; para construir la clasificación jerárquica, los géneros se agrupan en familias, las familias en órdenes, los órdenes en clases, las clases en filos, y los filos en reinos. Los grupos de organismos incluidos en estas siete categorías principales, en cualquier nivel de jerarquía, reciben el término de taxones, y cada taxón recibe una definición que abarca las características más importantes compartidas por todos los miembros de un taxón.
Para permitir una subdivisión mayor, se pueden añadir los prefijos sub- y super- a cualquier categoría. Además, en clasificaciones complejas, pueden utilizarse categorías intermedias especiales como rama (entre reino y filo), cohorte (entre clase y orden) y tribu (entre familia y género). En cualquier nivel, un taxón indica una base evolutiva común. Todos sus miembros se han desarrollado a partir de un antecesor común. Entonces se dice que el taxón es monofilético. En los casos en los que en un taxón determinado confluyen dos o más miembros que tienen características en común pero que derivan de líneas ancestrales diferentes, se dice que el taxón es polifilético; generalmente se intenta dividir y redefinir el taxón de modo que se obtenga una línea monofilética.