La parte de la botánica que estudia la estructura interna del organismo vegetal. Si se reduce a examinar detalladamente cada parte u órgano adulto del vegetal, considerado su posición respectiva, tenemos la anatomía descriptiva; si analiza la constitución de los diversos tejidos que lo integra, la histología; si no se para en el estudio del tejido, sino que investiga la constitución de la célula hasta lo más íntimo de la misma, hasta el orgánulo que la constituye, la citología. Cuando la anatomía vegetal no se limita a estudiar el órgano ya adulto, sino que va siguiendo su desarrollo, desde que empieza a formarse, a través de todas sus fases, hasta llegar al debido grado de perfección, la anatomía se llama ontogénica. Otras veces se establece comparación entre uno y otro órgano de distintas plantas, con objeto de descubrir la analogía y la homología que pueda presentarse entre ellos: en esta caso se trata de la anatomía comparada. Finalmente, si la comparación se establece teniendo en cuenta el antepasado del organismo, entonces la anatomía recibe el nombre de fitogenética. La anatomía fisiológica estudia la estructura de la parte vegetal y órgano vegetal habida cuenta de la función que desempeña; la mecanogenética investiga la causa fisicoquímica de determinada estructura; la anatomía patológica examina la estructura del órgano deformado por causa de cualquier clase de enfermedad.