La estructura en nucleótidos que tiene cada gen. Para descubrirla se aplican dos métodos. El método de Maxam-Gilbert; consiste en separar el DNA mediante una enzima de restricción, marcando cada fragmento resultante con fosfato32p en un extremo. Estos fragmentos se someten a cuatro tipos de reacciones, cada una de ellas capaz de romper el DNA por una determinada base o bases, posteriormente cada subfragmento se separa por electroforesis, según la longitud de su cadena, y se identifica mediante autorradiografía. La secuencia en nucleótidos se deduce a partir de la posición de las bandas que cada una de la cuatro reacciones deja en el gel. El método de Sanger; consiste en la síntesis de una doble hélice de DNA utilizando una hebra puede ser parada al llegar a la base que nosotros queramos, si añadimos el derivado dideoxi del fosfato de dexorribonucleósido al medio. Si añadimos ddATP, la síntesis terminará en una adenosina; si añadimos ddGTP terminará en una guanosina, etc. Como en el primer método, los fragmentos, que comprenden nucleótidos radiomarcados, son sometidos finalmente a electroforesis con autorradiografía.