Uno de los pioneros de la musicología, el austriaco Guido Adler, dividió la disciplina en 1885 en musicología histórica y musicología sistemática.
En la parte sistemática se incluye la teoría de la armonía, el ritmo, la melodía, la estética, la psicología de la música, la educación musical y el estudio comparativo de las músicas folclóricas del mundo. Otros estudiosos han incluido también la acústica y su historia dentro de la musicología sistemática. Las diferentes materias de estudio de la musicología han recibido una atención muy distinta entre los especialistas. La más importante ha sido la historia de la música occidental (en particular el arte de la música), la teoría y análisis de la misma y el estudio de los estilos no occidentales, esto último bajo el título de etnología musical o etnomusicología (dentro de una visión antropológica).
1. Teoría; La teoría puede ser definida en sentido amplio como el estudio de las relaciones entre los sonidos de la música y sus duraciones. En un nivel precompositivo trata de conjuntos de notas (sonidos), como modos, escalas, sistemas de afinación e intervalos y de su combinación al producirse simultáneamente con resultados como la consonancia y la disonancia. De la misma forma, trata de la organización del tiempo en cuanto al metro, el ritmo, el tiempo y la proporción. Hasta el siglo XVI estas materias se agrupaban bajo el epígrafe de ‘música teórica’, mientras que la música práctica se refería a la interpretación, la improvisación y la composición. En tiempos más recientes, se ha valorado en la educación de intérpretes y compositores la armonía, el contrapunto y la forma musical.
La teoría mantiene una ambigua posición entre las disciplinas musicales. En los países anglosajones tiende a considerarse una disciplina independiente de la musicología. Por el contrario, en Alemania la teoría es objeto de estudio de los musicólogos. Cualesquiera que sean las variaciones entre las diferentes tradiciones nacionales, el resultado de estas fronteras nebulosas es que el estudio histórico de la música se ha constituido como el principal objeto de estudio de la musicología. La historia de la teoría, independientemente de la visión que se tenga como disciplina separada o no, es cada vez más una de las materias de estudio de los musicólogos.