Las esponjas tienen características únicas que las hacen diferentes de cualquier otro grupo de animales. Son los únicos invertebrados cuyos esqueletos están formados por espículas minerales diminutas y los únicos que se alimentan gracias al agua que circula por el sistema de canales que conecta los numerosos poros que poseen en el cuerpo. Este sistema de canales está tapizado por células peculiares flageladas denominadas coanocitos, que recuerdan a ciertos protozoos de vida libre. Los biólogos evolucionistas creen que esa semejanza puede deberse a que tanto las esponjas como otros invertebrados surgieron a partir de protozoos.
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