Después de la Reforma se produjo un periodo de estancamiento teológico, mientras las ortodoxias católica y protestante se enfrentaban entre sí manteniendo posiciones muy rígidas: véase la Reforma.
En los siglos XVII y XVIII ambos campos se vieron amenazados por la aparición de la filosofía racionalista y la ciencia empírica. El prolongado dominio de la teología como la reina de las ciencias estaba concluyendo. A pesar de estas amenazas, el teólogo alemán del siglo XIX, Friedrich Schleiermacher, resucitó la teología. La autoridad de la ortodoxia había desaparecido, y la antigua teología natural había quedado desprestigiada por dos filósofos del siglo XVIII, el escéptico inglés David Hume y el idealista alemán Immanuel Kant. Por eso, Schleiermacher hizo un enérgico llamamiento para que la experiencia viva de la comunidad de creyentes fuera considerada como la nueva base de la teología. En su obra más importante, Compendio de la fe cristiana según los principios de la Iglesia evangélica (2 vols., 1821-1822), la doctrina es tratada como la transcripción de la experiencia. Con Schleiermacher, el foco de la teología parece desplazarse desde Dios a la humanidad, y esta fue la realidad, en términos generales, de la teología liberal que dominó el siglo XIX. Su desarrollo se vio interrumpido por la obra de Karl Barth, cuya obra monumental, Die kirchliche Dogmatik (1932-1962), significó un regreso a la filosofía bíblica. En la segunda mitad del siglo XX coexistían varias escuelas teológicas. Importante entre ellas es la revitalizada teología católica romana que surge del Concilio Vaticano II (1962-1965). Otras escuelas utilizan los principios del filósofo inglés del siglo XX Martin Heidegger, e incluso de Karl Marx, para elaborar nuevas interpretaciones teológicas.