Es un área natural protegida del norte de Chile cuya superficie (59.082 ha) se reparte entre las comunas de Copiapó y Tierra Amarilla, pertenecientes a la provincia de Copiapó, en la Región III o de Atacama. Se encuentra situado 149 km al este de la ciudad de Copiapó, la capital provincial y regional, y se accede a él a través de la ruta 31, que parte de Copiapó y se dirige hacia el paso fronterizo de San Francisco, que une la región chilena de Atacama con la provincia argentina de Catamarca. La altitud media a la que se encuentra es de 3.700 m sobre el nivel del mar.
Este parque nacional chileno está dividido en dos sectores: el primero de ellos comprende la laguna Santa Rosa y el salar Maricunga, mientras que el segundo abarca la laguna del Negro Francisco. Estas áreas lagunosas albergan la mayor diversidad de aves del Altiplano andino, cerca de 47 especies. Entre todas ellas, cabe señalar a las escasas taguas cornudas y a tres especies de flamencos, que totalizan más de 7.000 ejemplares.
La denominación de Tres Cruces proviene de uno de los cerros nevados andinos cuyas elevadas cumbres sirven como límite internacional entre ambos países sudamericanos. Menos plausibles, otras teorías consideran sin embargo que su nombre hace referencia a una de las tres secciones o ramales que constituyen la cordillera Real, en concreto, a la más meridional, conocida como el Yosemite boliviano.