Es un parque nacional colombiano situado en los sectores septentrional y central del sistema fluvial Caquetá–Putumayo. Incluye las cuencas medias y bajas de los ríos Cahuinarí y Bernardo, dentro del departamento del Amazonas. Tiene una extensión de 575.500 hectáreas. Su clima es isomegatérmico húmedo, no estacional, con una precipitación anual que fluctúa entre los 3.000 y los 3.500 milímetros. La temperatura promedio es de 28 °C. Esta región forma parte de la gran cuenca sedimentaria del río Amazonas, configurando tres conjuntos paisajísticos principales: las llanuras coluvio-aluviales de los ríos Caquetá, Cahuinarí, Pamá y Bernardo; el gran plano sedimentario depositado durante el terciario; y las formas estructurales rocosas del escudo Guayanés. El río Caquetá encierra una serie de islas, en las cuales, en la época seca de finales del año, en las playas de arenas y limos, anidan las charapas, las tortugas de agua dulce más grandes del mundo (45 kg). Los suelos son ácidos, debido a la presencia de altos niveles de hierro y aluminio. El 90% de la superficie del parque está representado por un bosque bien desarrollado, cortada por las planicies de erosión del terciario superior e inferior.
Entre los reptiles destacan las tortugas charapa, terecay, morrocoy, cupiso y matamatá, así como el caimán negro o yacaré assú, la babilla, el lagarto blanco, los cachirres, la anaconda o sucurijú (la serpiente más grande del mundo), la boa o jiboia, la serpiente verrugosa, varias especies de rabisecas o yaracas y las serpientes corales. Entre los mamíferos se encuentran: el tigre mariposo, el torongo, el león, el puma, la nutria, el perro de agua, el perrito venadero, el kinkajú, el cusumbo, el ulamá o tayra, el venado, el cerdo salvaje y la danta, así como numerosos primates, entre los que sobresalen el tití pielroja, el bebeleche, el mico de noche o tutamono, el fraile, el mico maicero y el churuco, choro o barrigudo. Existen más de 124 especies de peces, entre los que cabe mencionar la arawana, la cachama blanca, la cachama negra, la piraña y la mojarra rayada. Por lo que se refiere a las aves, las más abundantes son los piuríes, los tentes, las guacamayas, los loros, los pericos y los tucanes. En el parque se encuentran petroglifos que tienen importancia chamanística para los indígenas boras y mirañas que habitan en la zona. Los demás grupos indígenas fueron exterminados durante el genocidio de las caucherías.