El órgano ejecutivo de la Unión Europea (UE), el único que, a diferencia de otras instituciones comunitarias, representa exclusivamente los intereses de la Unión (más allá de las divergencias estatales). Fundado en 1958, es el órgano administrativo más importante de la Unión. Tiene su sede en Bruselas (Bélgica), y se rige por los principios de colegialidad y responsabilidad colectiva. Las sesiones se celebran a puerta cerrada. Cuenta con una veintena de direcciones generales, divididas en subdirecciones que, a su vez, lo hacen en divisiones.
La Comisión está integrada por un presidente y veintiséis comisarios (uno por país miembro, en total, tras la ampliación de 2007), de los que cinco son vicepresidentes. El presidente de la Comisión es designado por los gobiernos de los estados miembros, y después aprobado por el Parlamento Europeo. Los comisarios son nombrados por el presidente de la Comisión y el Consejo Europeo por mayoría cualificada, previa aprobación del Parlamento, y elegidos en razón de su competencia general y compromiso europeo de entre los nacionales de los estados miembros, mediante un sistema de rotación. Durante su mandato no podrán ejercer ninguna otra actividad profesional, ya sea retribuida o no. Cada uno de ellos está a cargo de determinadas políticas, y todos juntos forman el Colegio de Comisarios. Ejercen su mandato, por un periodo de cinco años renovable, con absoluta independencia y en interés general de la Unión, sin aceptar instrucciones de sus gobiernos ni de ningún otro organismo. Antes de la última ampliación de la UE, los países más grandes tenían dos comisarios, y los demás uno. En el futuro, el número de comisarios será inferior al número de estados, y serán elegidos por rotación igualitaria.
Entre las funciones del presidente de la Comisión se pueden citar: definir las orientaciones con arreglo a las cuales la Comisión desempeñará sus funciones; determinar la organización interna de la Comisión velando por la coherencia, eficacia y colegialidad de su actuación; trasladar al Consejo la lista de candidatos a comisarios a partir de las propuestas presentadas por los estados miembros; y nombrar vicepresidentes, distintos del ministro de Asuntos Exteriores de la Unión, de entre los miembros de la Comisión. En 2004 el entonces elegido presidente, José Manuel Durão Barroso, aceptó, a cambio del apoyo del Parlamento Europeo a su nuevo Ejecutivo, que la Eurocámara pueda imponer la destitución de un comisario si una mayoría de eurodiputados lo solicita. Las funciones de la Comisión que enumera la Constitución Europea son: promover el interés general de la Unión, tomando iniciativas al respecto; velar por que se apliquen la Constitución y las medidas adoptadas por las instituciones en virtud de ésta; supervisar la aplicación del Derecho de la Unión bajo el control del Tribunal de Justicia de la Unión Europea; ejecutar el Presupuesto y gestionar los programas; coordinar, ejecutar y gestionar conforme a las condiciones establecidas en la Constitución; asumir la representación exterior de la Unión, con excepción de la PESC (política exterior y seguridad común) y de los demás casos previstos por la Constitución; y adoptar las iniciativas de la programación anual y plurianual de la Unión, con el fin de alcanzar acuerdos interinstitucionales.
La Comisión tendrá una responsabilidad colegiada ante el Parlamento Europeo, que podrá votar una moción de censura contra aquella; si esta se aprobara, los comisarios deberán dimitir colectivamente de sus cargos, así como el ministro de Asuntos Exteriores de la Unión, del cargo que ejerza en la Comisión. Además, el Parlamento Europeo se reserva otros mecanismos de control de la gestión de la Comisión.