El área natural protegida de México, localizada al suroeste del estado de Jalisco y norte del de Colima; en los municipios de Autlán de Navarro, Casimiro Castillo, Cuautitlán, Tolimán y Tuxcacuesco, en Jalisco, y los de Comala y Minatitlán, en Colima. Se ubica en el extremo occidental de la cordillera Neovolcánica. Fue declarada Reserva de la Biosfera en marzo de 1987 y, desde 1988, forma parte de la Red Internacional de Reservas de la Biosfera de la UNESCO.
El relieve es accidentado con un gradiente altitudinal comprendido entre los 400 y los 2.860 m, lo que determina una variabilidad climática de cálido-subhúmedo a semicálido y templado-subhúmedo. En esta región hay una gran variedad de plantas vasculares. La sierra de Manantlán se dio a conocer internacionalmente cuando en 1977 se hizo público el descubrimiento del maíz perenne silvestre (Zea diploperennis), conocido también como milpilla o chapule.
La vegetación está compuesta por: bosques de coníferas, con especies como Pinus durangensis, Pinus herrerai, Pinus leiophylla o Abies religiosa; bosques de encinos, en el que destacan las especies Quercus castanea y Quercus glaucescens; encinares subcaducifolios con especies como Quercus laurina o Quercus candicans; bosques mesófilos de montaña con Magnolia iltisiana e Ilex brandegeana como plantas dominantes; bosques tropicales caducifolios; bosques tropicales subcaducifolios, integrados principalmente por Brosimun alicastrum, Bumelia cartilaginea y Cedrela odorata; y bosques galería con Alnus jorullensis (aile) y Salix humboldtiana como especies dominantes. La reserva cuenta con numerosas especies de vertebrados, con gran número de endemismos. Algunas de las especies presentes en la zona son el guajolote o pavo silvestre (Meleagris gallopavo), la pava culirroja o cojolite (Penelope purpurascens), la cotorra serrana (Amazona finschi), el águila real (Aquila chrysaetos), la víbora de cascabel (Crotalus lannomi), el jaguar (Panthera onca), el margay o tigrillo (Leopardus wiedii) y el armadillo (Dasypus novemcinctus).